1ª Etapa: Baskonia
La Real entró en la competición en 2ª ronda. El rival, a partido único, era el Baskonia de Tercera División. El equipo, que no atravesaba por un buen momento en Liga ya que venía de encadenar dos derrotas consecutivas frente a Valladolid y Real Madrid, tendría que hacer frente a la ilusión de su rival y al riesgo que supone disputar una eliminatoria previa a partido único.
Los txuri urdin, aún lejos de su mejor forma, fueron de menos a más y se impusieron gracias a un gol de Arrien en la segunda parte. El peligro de este tipo de eliminatorias quedó confirmado con la eliminación de tres equipos de Primera: Espanyol, Sporting y Murcia. El Sanse, que también participaba en la Copa, seguía adelante tras eliminar al Barakaldo al ganar 2-3 en Lasesarre.
2ª Etapa: Montijo
En la segunda ronda el rival sería otro equipo de Tercera, en este caso el Montijo extremeño. El partido se disputó el 22 de octubre. A los realistas les costó plasmar su superioridad frente a un rival muy motivado. El gol de la victoria, obra de Txiki Begiristain, llegó en el minuto 71 y fue muy discutido por los locales que reclamaban fuera de juego. A partir de ese momento el árbitro, el andaluz Caetano Bueno, perdió completamente el control del juego y si el encuentro no acabó con mayores incidentes fue gracias a la exquisita deportividad de los locales. Como anécdota, López Ufarte fue expulsado por doble amarilla, una de las dos únicas expulsiones que ha sufrido en su carrera en la Real.
En esta ronda cayeron otros dos equipos de Primera: el Valladolid y el Sabadell. El Sanse también seguía adelante tras eliminar al Bilbao Athletic al que derrotó por 1-0.
3ª Etapa: Villarreal
En la siguiente ronda el rival sería, de nuevo un equipo de Tercera, en este caso el Villarreal que en aquellos años todavía jugaba en las categorías inferiores del fútbol español. Los castellonenses habían eliminado con anterioridad a un histórico del fútbol español, el Valencia que aquella temporada estaba en 2ª División.
El partido se disputó el 5 de noviembre. La Real salió fuerte y en el minuto 7 ya ganaba 0-1 gracias al gol de López Ufarte. Los txuri urdin buscaron sentenciar la eliminatoria antes del descanso, pero no consiguieron batir de nuevo la meta rival. En la segunda parte los locales, espoleados por su afición, se sacudieron el dominio de la Real y gozaron de varias oportunidades, especialmente una de Adriano que sacó Gorriz bajo palos. Finalmente, con algún apuro más de lo esperado, la Real supo mantener el resultado y pasar a octavos.
El que puso fin a su participación copera fue el Sanse, eliminado en la prórroga por el Mallorca Atlético pese a adelantarse por 0-2 con dos goles de Loinaz.
4ª Etapa: Eibar
La eliminatoria de octavos de final ya se disputaba a doble partido y el sorteo determinó que el rival de la Real sería el otro equipo guipuzcoano superviviente en la competición, el Eibar, que militaba en 2ª división B. Sería el primer enfrentamiento oficial entre ambos clubes desde la desaparición de los campeonatos regionales.
La ida se disputó en Ipurua el 28 de enero. Los eibarreses ya habían dado la sorpresa en la competición eliminando al Sevilla y no descartaban hacer lo mismo contra la Real. En un Ipurua vestido de gala para la ocasión, la Real no dio opción al Eibar jugando un partido serio y concentrado que se resolvió con los goles de José Mari Bakero y Gajate, ambos al filo del descanso. En la segunda parte el Eibar intentó acortar distancias, pero, aunque dominó, no consiguió batir la puerta de Arconada.
Con la eliminatoria prácticamente sentenciada el partido de vuelta se disputó el 11 de febrero. El Eibar llegaba con la intención de dar pelea y de poner en apuros a la Real y, pese a que un gol de Gorriz en el minuto 2, encarriló aún más la eliminatoria para los txuri urdin, no se rindió, realizó un buen partido, superó a la Real en varias fases del encuentro y sólo la buena actuación de Arconada impidió que lograra algún gol. La Real, en cambio, tuvo el acierto de obtener el segundo gol antes del descanso en un buen lanzamiento de falta de Musti Mujika. La segunda parte siguió por el mismo camino con un Eibar presionando sin descanso, pero sin conseguir el premio del gol.
La Real lograba así el pase a cuartos de final en los que no estaría el Barcelona, eliminado por Osasuna.
5ª Etapa: Mallorca Atlético
En esta ocasión el sorteo fue benévolo con la Real ya que le correspondió en suerte el rival más flojo de los que quedaban, el Mallorca Atlético. El filial mallorquín era precisamente el equipo que había dejado en la cuneta, con bastante fortuna, al Sanse. Como todos los filiales era un equipo con jugadores jóvenes y, a priori, la Real no debía tener excesivas dificultades para seguir adelante en la competición.
El partido de ida se disputó el 25 de febrero en el Luis Sitjar. Los realistas salieron decididos a sentenciar la eliminatoria, pero no tuvieron acierto de cara a la meta contraria y poco a poco el Mallorca Atlético fue creciéndose, ayudado por el mal estado del terreno. Las ocasiones seguían siendo de la real pero el marcador no se movería. Pese a que no se temía por el desenlace de la eliminatoria el partido no dejó un buen sabor de boca a los txuri urdin ni a su entrenador Toshack.
La vuelta se disputó el 11 de marzo. La Real salió decidida a sentenciar cuanto antes y en el minuto 10 ya ganaba 2-0. El Mallorca Atlético se vino abajo al encajar el tercer y cuarto gol en los minutos 32 y 33 y la Real pudo jugar a placer. Al descanso se llegó con 4-0 y ya en la segunda parte los txuri urdin lograron 6 goles más. En el último minuto del partido los insulares marcaron su gol.
El 10-1 era la tercera mayor goleada lograda por la Real en partido oficial, sólo superada por el 14-2 al Valladolid en la temporada 40-41 y el 11-1 al Sabadell en la 62-63.
Semifinales: Athletic Club
El sorteo de semifinales emparejó a la Real con el Athletic Club. Un derbi para llegar a la final de la Copa. Una oportunidad única que la Real no desaprovechó.
El partido de ida se disputó en Atotxa el 3 de junio. Los txuri urdin buscaron la victoria con más ahínco que sus rivales pero las lesiones de Loren, que acababa de entrar al campo, y Shanti Bakero, mermaron sus fuerzas por lo que tuvieron que conformarse con el empate.
La Real alineó a Arconada, Shanti Bakero, Luis Mari López Rekarte, Larrañaga, Gorriz, Gajate, Zubillaga (Loren), José Mari Bakero, Mujika (López Ufarte), Zamora y Txiki Begiristain.
Por su parte, el Athletic jugó con Biurrun, Urkiaga, De la Fuente, Andrinua, Goikoetxea, Patxi Salinas, Pizo Gómez, Gallego, Endika, Urtubi y Noriega.
Aunque el resultado parecía dar ventaja a los bilbaínos, Toshack se mostró satisfecho ya que su equipo había sido capaz de mantener el resultado pese a la inferioridad numérica.
El partido de vuelta se disputó una semana después en San Mamés y los realistas, en el mejor partido de la temporada, vencieron por 0-1 logrando la clasificación para la final de Copa 36 años después. El rival sería el Atlético Madrid, que se impuso en la otra semifinal al Real Madrid final.
El gol de la victoria fue marcado por José Mari Bakero al rematar de cabeza en el minuto 25 un saque de esquina lanzado por López Ufarte y peinado por Gorriz en el primer palo. El Athletic lo intentó, pero la Real supo controlar el partido sin sufrir demasiado.
La Real alineó a Arconada, Sagarzazu, Luis Mari López Rekarte, Larrañaga, Gorriz, Gajate, Mujika, José Mari Bakero, Txiki Begiristain, Zamora y López Ufarte (Martín Begiristain).
Por su parte, el Athletic jugó con: Biurrun, Urkiaga, De la Fuente, Andrinua (Sarabia), Goikoetxea, Patxi Salinas, Pizo Gómez, Gallego, Endika, Urtubi y Noriega (Sarriugarte).