La victoria en Sevilla por 0-1 en la última jornada de la Liga 89-90 gracias a un gol de penalti de Aldridge dio a la Real una nueva clasificación para Europa.
Los posibles rivales de la Real en la primera ronda eran el potente Borussia Dortmund, el Sporting Club de Portugal, un viejo conocido de la Real, el Chemnitzer de la Alemania del Este, los checos del Inter Bratislava, el Avenir Beggen de Luxemburgo y el Lausanne suizo. Finalmente éste último fue el que tocó en suerte a los realistas. El partido de ida se disputaría en Lausanne el 19 de septiembre y la vuelta el 2 de octubre en Atotxa.
El partido de ida no puedo empezar mejor para los txuri urdin. En el minuto 16, Lumbreras, con un gran remate de cabeza adelantaba a la Real y en el 27 Gajate marcaba el segundo. El partido, y la eliminatoria, parecían perfectamente encarrilados pero los suizos reaccionaron en la segunda parte embotellando a los realistas. Hottiger en el minuto 50 recortaba distancias, en el 77 Chapuisat empataba y, a falta de 1 minuto Hottiger aprovechaba un barullo en el área de la Real para dar la victoria a los locales
En el partido de vuelta los realistas tuvieron que sufrir para lograr el pase a la siguiente eliminatoria. Los suizos gozaron de algunas claras oportunidades, desbaratadas por González, y fue un gol de Aldridge en el minuto 55 a pase de Mikel Lasa el que dio la victoria y la clasificación a los hombres de Marco Antonio Boronat.
El rival en la segunda ronda saldría del cuarteto formado por Partizan de Belgrado, Timisoara, Fenerbahce, y Magdeburgo. Finalmente la Real quedó emparejada con el equipo yugoslavo que se había deshecho con facilidad de los malteses del Hibernians en la primera ronda .
El partido de ida debía disputarse, según el sorteo, en Belgrado pero la coincidencia con el partido del Estrella Roja provocó que, siguiendo la normativa UEFA, se alterara el orden de los partidos por lo que la ida sería en Atotxa.
El 24 de octubre la Real recibió en Atotxa al Partizan. El equipo dominó todo el partido frente a un rival que se defendió con orden y demostró la calidad de su bloque. Tras un susto en una gran jugada de un joven Mijatovic, la Real recuperó el dominio pero no tuvo premio hasta el minuto 91 cuando Larrañaga logró de un gran disparo el gol de la victoria.
La renta de cara al partido de vuelta era mínima pero, al menos los realistas no habían encajado gol en Atotxa. Desde el comienzo el Partizan, con el entusiasta apoyo de su afición, buscó nivelar la eliminatoria pero, en la primera parte, no tuvo demasiada claridad de idea por lo que se llegó al descanso con empate a 0. A los 4 minutos de la reanudación Stevanovic aprovechaba de cabeza un despeje de González en un saque de falta y hacía el 1-0. La mejor ocasión realista fue un remate de cabeza de Gorriz que sacó Pandurovic en la misma raya de gol. El marcador ya no se movería ni en lo que quedaba de partido ni en la prórroga por lo que la eliminatoria se decidiría en los lanzamientos de penalti.
Al igual que sucedió en la eliminatoria contra el Stuttgart los txuri urdin estuvieron menos acertados que sus rivales y quedaron, por segunda vez, eliminados en la tanda de penaltis.
Por la Real marcaron Mentxaka, Lasa y Gorriz pero erraron sus lanzamientos Aldridge y Bengoechea. Los yugoslavos caerían en la siguiente ronda eliminados por el Inter de Milan, futuro campeón.