La fama de equipo ascensor comenzó a fraguarse en los años 40. Así en la temporada 1941-42 la Real no pudo mantener la categoría y concluyó el campeonato como farolillo rojo. Sin embargo la parada del ascensor en el piso de segunda fue breve y al año siguiente los donostiarras volvieron a primera de la mano de Benito Díaz. En esta ocasión tras imponerse en su grupo, la Real superó en la liguilla final a Valladolid, Sporting, Ceuta y Jérez y junto con el Sabadell consiguió el ascenso.
Pero nuevamente en la temporada 1943-44 el equipo donostiarra perdió la categoría y en esta ocasión la estancia en segunda división se iba a prolongar durante las dos temporadas siguientes.
Hubo pues que esperar a la temporada 1946-47 para vivir un nuevo ascenso. Tras unos comienzos dubitativos la Real permaneció durante casi toda la temporada en la tercera plaza que daba derecho a jugar la promoción de ascenso. Sin embargo en las últimas jornadas la Real se vió relegada a la cuarta posición que la dejaba de nuevo en segunda pero dos victorias consecutivas, frente al Betis en Sevilla y frente al Mallorca en casa devolvieron el tercer puesto al equipo donostiarra. La promoción enfrentó a Real Sociedad y Murcia en el Estadio Metropolitano de Madrid. La Real se impuso por 2 a 0 con goles de Castivia y Campos logrando de esta manera el ascenso.
La temporada 1947-48 trajo un nuevo descenso ya que la Real terminó la Liga en penúltima posición. Paradójicamente el papel en la Copa fue muy bueno. La Real eliminó a At. Zaragoza, Sabadell, Tarragona y Valencia antes de caer frente al Sevilla en semifinales. Es preciso señalar que la eliminatoria contra el Valencia dejó graves secuelas ya que varios jugadores contrajeron fiebres de Malta lo que supuso para algunos una baja prolongada y en algún caso la retirada del fútbol.
La siguiente temporada comenzó de manera atípica ya que las obras de remodelación de Atotxa hicieron que la Real comenzará la campaña con tres partidos consecutivos como visitante. Los tres partidos acabaron en derrota y los augurios eran negativos pero la Real se rehizo y entabló a lo largo del campeonato una dura pugna con Málaga y Granada. Los tres conjuntos llegaron empatados a la última jornada con la Real en primera posición gracias a la diferencia de goles entre ellos. La victoria donostiarra en su visita al Mestalla permitió mantener el liderato y ascender de nuevo a primera. El ascensor volvió así al piso superior.
