La temporada 97-98, con Krauss en el banquillo, la Real firmó una gran temporada. El tercer puesto final daba una nueva clasificación para disputar la Copa UEFA . La participación de la Real en esta edición de la UEFA quedaría trágicamente marcada por el asesinato de un joven aficionado realista, Aitor Zabaleta, a manos de un seguidor ultra del Atlético Madrid.
En lo estrictamente deportivo la competición empezó muy bien para la Real. El sorteo emparejó a la Real en primera ronda con el Sparta Praga checo. En el partido de ida, disputado en Praga, Kovacevic adelantó a la Real a los 7 minutos pero los checos dieron la vuelta al marcador antes del descanso. En la segunda parte los txuri urdin firmaron una auténtica exhibición y se impusieron por 2-4 gracias a los goles de Aldeondo, Kovacevic y De Pedro.
El partido de vuelta, primero de competición europea disputado en Anoeta, se jugó bajo un auténtico diluvio. Con la eliminatoria prácticamente sentenciada desde la ida, un gol de Kovacevic de cabeza dio la victoria a la Real.
En la segunda ronda el rival de la Real saldría del cuarteto formado por Liverpool, Parma, Olympique Lyon y Dinamo Moscú. Finalmente sería el equipo ruso, que venía de eliminar al Skonto Riga.
El partido de ida, disputado en Moscú, comenzó de forma inmejorable para la real. 2 goles de Kovacevic y otro de Javi de Pedro de penalti, dejaban el marcador al descanso en un 0-3 que parecía sentenciar la eliminatoria. Sin embargo, en la segunda parte, y en el plazo de apenas 1 minuto, los rusos lograban acercarse en el marcador con 2 goles y obligaban a la Real a sufrir para mantener la victoria
En el partido de vuelta la superioridad de la Real volvió a ser clara y, aunque hubo que esperar a la segunda parte, los txuri urdin lograron una rotunda victoria con dos goles de Kovacevic y otro de Óscar de Paula. Por primera vez en su historia la Real lograba 4 victorias consecutivas en competiciones europeas y Darko, con 7 tantos, encabezaba la lista de goleadores de la competición
El sorteo de los octavos de final emparejó a la Real con el Atlético de Madrid. Sería la primera vez que la Real tenía que enfrentarse con otro equipo de la Liga en competición europea.
El partido de ida se disputó en Anoeta estuvo muy competido y marcado por el arbitraje del inglés Poll que cometió innumerables errores que perjudicaron a ambos equipos. El Atlético se adelantó en el minuto 3 con un gol de Juninho pero Kovacevic logró empatar justo antes del descanso. En la segunda parte el Atlético se quedó con 9 jugadores tras las expulsiones de Torrisi y Aguilera, la Real se lanzó a por el gol de la victoria y éste llegó a falta de 7 minutos con un tanto en propia puerta de Roberto. La Real encadenaba su quinta victoria consecutiva y la eliminatoria quedaba en el aire.
La noche del 8 de diciembre de 1998 ha quedado grabada para siempre en la memoria de los aficionados realistas. Antes de empezar el partido, en los aledaños del Vicente Calderón, un grupo de ultras del Atlético de Madrid apuñalaba cobardemente al seguidor txuri urdin Aitor Zabaleta que fallecería en las horas siguientes.
En cuanto al partido, la Real caería en la prórroga. Jugovic adelantó al Atlético con 2 goles, Gracia llevó el partido a la prórroga en la que Santi y José Mari dieron el pase a los madrileños.