Talde igogailuaren ospea 40. hamarkadan sendotu zen. 1941-42 denboraldian Realak ezin izan zion eutsi eta muturrean amaitu zuen Txapelketa. Baina igogailuak Bigarren Mailan egin zuen geldialdia laburra izan zen eta hurrengo urtean donostiarrak Lehen Mailara itzuli ziren Benito Diazekin. Denboraldi hartan, bere multzoko talde nagusia izan zen Reala; azken ligaxkan Valladolid, Sporting, Ceuta eta Jerez garaitu zituen eta Sabadellekin batera Lehen Mailara igotzea lortu zuen.
Baina 1943-44 denboraldian, Donostiako taldeak kategoria galdu zuen berriz ere. Orduko hartan denbora luzeagoa igaro zuen Bigarren Mailan, bi denboraldi hain zuzen. Beraz, 1946-47 denboraldia arte itxaron behar izan zen hurrengo igoera ikusi ahal izateko. Gorabehera askoko hasiera baten ondoren, Reala hirugarren lekuan egon zen ia denboraldi osoan eta horrek Lehen Mailara igotzeko promozioa jokatzeko aukera emango zion. Azken jardunaldietan Reala laugarren lekura jaitsi zen, eta berriz ere Bigarrenenean gelditu beharko zuen, baina ondoz ondoko bi garaipen lortuta, Sevillako Betisen kontra eta Mallorcaren kontra etxean, hirugarren lekura itzuli ziren berriz ere. Promozioan Reala eta Murtzia aritu ziren aurrez aurre, Madrilgo Estadio Metropolitanoan. Reala nagusi izan zen 2 eta 0, Castivia eta Camposen golekin. Berriro Lehen Mailara igotzea lortu zuen, beraz.
1947-48 denboraldiak beste jaitsiera bat ekarri zuen berarekin, Realak azken aurreko amaitu baitzuen Ligan. Kopan, ordea, oso lan ona egin zuen. Realak At. Zaragoza, Sabadell, Tarragona eta Valencia kanporatu zituen eta finalerdietan gelditu zen kanpoan bera, Sevillaren kontra galduta. Aipatu beharra dago Valencia taldearen kontrako partidak oso ondorio larriak izan zituela Realeko hainbat jokalarirentzat, Maltako sukarrak jo zielako, eta, horren ondorioz, hainbat jokalari denbora luzean izan zen jokatu ezinik, eta bakarren batek futbola utzi behar izan zuen.
Hurrengo denboraldiaren hasiera ohiz kanpokoa izan zen guztiz. Atotxan berrikuntza lanetan ari ziren eta Realak bisitari gisa egin behar izan zituen lehenengo hiru partidak. Hirurak galdu zituen eta zantzuak guztiz negatiboak ziren. Baina Reala suspertu egin zen eta Txapelketa osoan zehar oso lehia bizia izan zuen Malaga eta Granada taldeekin sailkapenaren buruan. Hiru taldeak berdinduta iritsi ziren azken jardunaldira, baina Reala lehenengo zegoen, gol aldeari esker. Donostiarrek Mestallan garaipena lortu zuten, eta horri esker Lehen Mailara iritsi ziren berriz ere. Igogailua goiko solairura igo zen berriz ere.
